Il medico Girolamo Buonagrazia, nato a Firenze nel 1470, entrò, da giovane, nel partito dei piagnoni, i sostenitori del domenicano Girolamo Savonarola (il nome derivava dalle lacrime che versavano ad ogni sermone del predicatore ferrarese). Nel 1494 Savonarola creò la repubblica teocratica di Firenze, cacciando Pietro de' Medici (l'indegno figlio di Lorenzo il Magnifico): l'attivo B. fu anche firmatario di una petizione inviata nel luglio 1497 da 365 fiorentini a Papa Alessandro VI (1492-1503) in difesa delle dottrine del Savonarola. Comunque, anche dopo la tragica morte di quest'ultimo nel 1498, B. rimase nell'animo profondamente savonaroliano e repubblicano, nonostante che i Medici riprendessero il potere in città nel 1512.
Negli anni successivi, B. si dedicò alla professione medica, ma anche alla lettura entusiasta, fin dal 1523, degli scritti di Martin Lutero.
Il 6 maggio 1527 avvenne il Sacco di Roma e, dieci giorni dopo, Firenze insorse, cacciando nuovamente i Medici, questa volta nella figura del duca Alessandro, pronipote di Lorenzo il Magnifico, al potere dal 1525. Per la sua fama di convinto repubblicano, B. fu subito investito di alte cariche nella neonata repubblica. In questo periodo B. scrisse una lettera (andata persa) a Lutero, ormai sostituitosi nella sua mente al Savonarola come colui che poteva attuare la rennovatio ecclesiae del Cristianesimo.
Ma, nell'ottobre 1530, Alessandro de' Medici (duca 1525-1527 e 1530-1537) riconquistò Firenze con l'aiuto delle truppe imperiali, e l'anno dopo B. fu accusato di eresia luterana, ma in realtà si voleva fargli pagare la sua partecipazione alla cacciata dei Medici dalla città. Durante gli interrogatori, B., amareggiato per la fine della repubblica, si sfogò con il camaldolese Domenico Bencivenni, manifestando la sua intenzione di emigrare in Germania da Lutero, se fosse stato esiliato.
Il processo si concluse nel dicembre 1531 con la condanna ad una consistente penitenza e all'esilio da Firenze, dove però ritornò, dopo essere stato graziato, e dove morì nel 1541.