Giovanni Filipono, da non confondere con un altro Filipono, pure lui filologo, ma vissuto nel I secolo A.D., nacque a Cesarea e fu un filologo, filosofo aristotelico, astronomo, teologo cristiano e scrittore prolifico, ma del quale pochissimi scritti sono giunti a noi. Egli divenne, intorno alla metà del VI secolo, vescovo triteista di Alessandria.
Il triteismo fu una dottrina eretica, che in pratica tendeva a scindere la Trinità di Dio in tre divinità separate e comparve diverse volte durante la storia del Cristianesimo, per esempio, con Gotescalco di Orbais o Gioacchino da Fiore, e fu condannata dal IV Concilio Lateranense del 1215.
In tarda età, F. fu convocato dall'imperatore Giustiniano (527-565) per spiegare le sue dottrine, ma non si presentò adducendo motivi di età e salute. Ciò non gli impedì di essere condannato dal Patriarca di Costantinopoli, Giovanni Scolastico, contro il quale F. pubblicò un feroce libello nel 568. Si presuppone che poco dopo, F. sia morto.