Le notizie su Thomas Helwys (il cognome è riportato anche come Elwes, Helwisse o Helwas) sono molto scarse: egli nacque da una famiglia di proprietari terreni (il padre si chiamava William Helwys) a Broxtowe Hall, nella contea inglese del Nottinghamshire, nel 1550 circa, e ricevette una buona educazione al collegio Gray's Inn, a Londra.
Non sono note altre informazioni fino al 1606, quando H. decise di aderire ad una congregazione separatista, fondata da John Smyth e John Robinson, nella valle del fiume Trent, alla confluenza delle contee del Lincolnshire, Yorkshire e Nottinghamshire. Facevano parte del gruppo William Brewster, Richard Clifton, Hugh Bromhead, e William Bradford (1590-1657). Quest'ultimo sarebbe in seguito diventato il governatore della colonia dei Padri Pellegrini a Plymouth nel Massachusetts.
A causa di divergenze interne (contrariamente a Robinson, Smyth voleva tagliare ogni forma di amicizia con i puritani rimasti nell'ambito della Chiesa Anglicana), il gruppo si spezzò in due tronconi, anche per motivi geografici: H., Clifton e Bromhead rimasero con Smythe a Gainsborough (nella contea del Lincolnshire), mentre gli altri, che vivevano vicino a Scrooby (nella contea del Nottinghamshire), scelsero Robinson come loro capo. Alla fine ambedue i gruppi decisero di emigrare in Olanda nel 1608, Robinson a Leida e Smyth ad Amsterdam.
Ad Amsterdam Smyth rincontrò il suo ex collega d'università Francis Johnson (1562-1618), che aveva fondato una chiesa separatista in esilio, dopo aver scontato quattro anni di prigione, fino al 1596, per aver stabilito precedentemente una simile chiesa a Londra. Smyth litigò ben presto con Johnson per una serie di ragioni, ma soprattutto a causa del rifiuto di Smyth verso il battesimo dei bambini, un punto piuttosto originale per una chiesa protestante inglese. Ciò era inizialmente derivato dal rifiuto di tutto quello che veniva celebrato dalla Chiesa Anglicana, incluso il battesimo infantile e poi, secondo Smyth, era fondamentale credere per poter essere battezzati, una condizione evidentemente impossibile per bambini neonati. Ma questa presa di posizione, a quel tempo, suscitò scalpore perché faceva immediatamente venire alla mente gli anabattisti e le atrocità della dittatura di Münster del 1534-36, che avevano provocato tanti lutti e dolori in molte famiglie olandesi.
Smyth, H. e i loro seguaci decisero ugualmente di fondare una seconda chiesa congregazionalista o separatista in Olanda nel 1609 e di ribattezzarsi: dapprima Smyth battezzò se stesso, poi battezzò H. e gli altri. Questo gesto di se-battesimo, come fu chiamato l'auto-battesimo di Smyth, fu aspramente criticato da Clifton, alle cui obiezioni Smyth rispose cercando l'adesione ad uno dei rami più importanti dell'anabattismo mennonita olandese: quello dei waterlanders di Hans De Ries.
Tuttavia questa subitanea decisione fu contestata da H., il quale, non volendo assimilare in toto la dottrina dei mennoniti, abbandonò la chiesa di S., fondandone una nuova, sempre di tipo congregazionalista, denominata successivamente Chiesa dei Battisti Generali, che scomunicò Smyth e tagliò ogni relazione con lui entro il 1611. Nello stesso anno H. espose le proprie idee nella sua Declaration of Faith (dichiarazione di fede), accettando il convincimento di tipo calvinista che i credenti fossero predestinati alla salvezza, ma respinse, d'altra parte, che i peccatori fossero destinati alla dannazione: Dio avrebbe salvato chiunque avesse accettato la Grazia da Lui donata agli uomini per essere da loro, secondo il libero arbitrio, recepita o respinta. Questa tesi non era farina del sacco di H., bensì proveniva dalle dottrine del noto teologo calvinista Jakob Hermanzoon, detto Arminio, pubblicate nel 1610, ed in seguito condannate nel sinodo calvinista di Dort del 1618-19.
Inoltre, contrariamente a Smyth, H. accettò il dogma del peccato originale, pur mantenendo la pratica del battesimo degli adulti (per immersione). Infine H. prese le distanze dai mennoniti, respingendo la loro idea che i cristiani non dovessero mai giurare o ricoprire ruoli nella magistratura. L'anno successivo, H. decise, con un atto molto coraggioso (secondo H. era meglio perdere la vita per Cristo nel proprio paese che fuggire per le persecuzioni), di far rientrare in Inghilterra il proprio gruppo nel 1612 e stabilirsi, nel vecchio ospedale di Spitafield, un quartiere nella parte orientale di Londra.
Nel 1612 H. pubblicò il suo scritto A short declaration of the Mistery of Iniquity (una breve dichiarazione sul mistero dell'iniquità), mandandone una copia al re Giacomo I (1567-1625) in persona. In questo scritto H. attaccò temerariamente la monarchia, che non doveva imporre leggi in spregio delle coscienze dei sudditi, poiché, come lui stesso scrisse, Il re è un uomo mortale, e non Dio, e perciò non ha alcun potere di fare leggi e ordinanze per le anime mortali dei suoi sudditi e imporre dei capi spirituali sopra di essi.
Il credo di H. prevedeva la massima tolleranza, anche per eretici, turchi, ebrei o chiunque altro, ma il re Giacomo I non era dello stesso avviso e fece perseguitare la chiesa di H. Lo stesso fondatore fu imprigionato nel 1613, assieme all'altro leader John Murton (1585-ca.1626), nel carcere di Newgate, dove morì probabilmente entro il 1616.
Benché oggigiorno gli studiosi di storia delle religioni propendono per una presenza di battisti sul territorio inglesi anche prima della Chiesa dei Battisti Generali di H., quest'ultima, nondimeno, viene accettata come la prima organizzazione battista operante in Inghilterra. Negli anni successivi la morte di H., i suoi seguaci, denominati, come detto, battisti generali, si distingueranno, per il rifiuto di compromessi con la Chiesa Anglicana, dal movimento dei battisti particolari [nato da una scissione della congregazione Jacob-Lathrop-Jessey fondata nel 1616 da Henry Jacob (1553-1624)] che invece cercarono di mantenere qualche forma di contatto con l'establishment anglicano.
Il futuro fu meno roseo per i battisti generali, che declinarono man mano venendo, tra il XVIII e XIX secolo, riassorbiti dai metodisti o dagli unitariani (quest'ultima fusione avvenne nel 1815), mentre dai battisti particolari discendono le chiese battiste attualmente esistenti, molto diffuse soprattutto in Stati Uniti.